Школа в Большом Истоке была открыта в 1902 г., о чём свидетельствует доклад уездной земской управы за 1903 г.: «В минувшем году вновь открыто в уезде две земские школы – в деревне Исток Арамильской волости …….».
Большеистокская земская школа имела статус Большеистокского начального народного училища. В нём было четыре отделения. Школа располагалась в одноэтажном деревянном здании, сохранившемся до сих пор (ул. Ленина, 88).
После революции 1917 г. Большеистокское начальное народное училище постепенно переросло в общеобразовательную школу, располагавшуюся в тех же двух деревянных зданиях, построенных до революции.
В 1934 г. школа получила название Большеистокской неполной средней школы (с семилетним обучением).
В 1940 г. Большеистокская неполная средняя школа, располагающаяся по адресу ул. Ленина, 88, стала школой № 5.
В 1953 г. семилетняя школа № 5 стала восьмилетней. К этому времени в ней было 17 классов, в которых обучалось 595 учащихся, 23 учителя.
В 1963 г. было построено новое каменное здание школы (ул. Ленина, 115). Кроме того, были построены двухэтажный жилой дом для учителей, гараж и два технических класса, где дети обучались вождению автомобилей.
С 1963 г. школа № 5 становится полной средней школой с десятилетним обучением. В каждом классе в среднем было по три «параллели». Первый выпуск в новом здании школы (43 человека) состоялся в 1964 г.
Школа № 5 занимает в настоящее время три здания. Основное здание школы, где обучаются учащиеся 5-11-х классов, расположено по ул. Ленина, 115. В здании, расположенном на пришкольной территории, располагаются мастерские (швейная, слесарная, столярная) и гараж. Начальная школа занимает здание бывшего детского сада № 15 (ул. Советская, 36), переданного школе в 1996 г.